LaTeXだと\labelと\refを使えばいい具合に相互参照できる（参照番号を付けてくれる）が、Markdownだとそういう記法は無い。pandocというドキュメントコンバータを使うと、Markdown（など）の形式のドキュメントを入力にして、様々な処理を加え、Markdownや他…

Markdownで相互参照を使うならpandoc-crossref